違法。公司通過扣除職工部分工資的方式發放年終獎是屬于克扣工資的行為，違反勞動法的規定。

　　《中華人民共和國勞動法》第五十條　工資應當以貨幣形式按月支付給勞動者本人。不得克扣或者無故拖欠勞動者的工資。

　　《勞動法》第五十條規定：“不得克扣或者無故拖欠勞動者的工資。”《工資支付暫行規定》也明確規定：“用人單位不得克扣勞動者工資。”根據以上規定，在一般情況下，用人單位不得扣發勞動者的工資，否則即侵犯了勞動者獲取勞動報酬的權利。

　　但是，這并不是說用人單位就不能扣發勞動者的工資。根據《工資支付暫行規定》第十六條：“因勞動者本人原因給用人單位造成經濟損失的，用人單位可按照勞動者合同的約定要求其賠償經濟損失，經濟損失的賠償，可從勞動者本人的工資中扣除。但每月扣除的部分不得超過勞動者當月工資的20%.若扣除后的剩余工資部分低于當地月最低工資標準，則按最低工資標準支付。”因此，職工工作失誤對單位造成損失可扣發工資，但必須按上述規定扣發，不能扣發勞動者的全部工資。

　　年終獎是“工資總額”中的一部分，但較為靈活，一般來說是否發放年終獎屬于用人單位的管理自主權，用人單位可以決定是否發放及發放金額，除非另有約定或規定。

　　目前企業發放年終獎的形式很多，不僅有現金，也有實物，甚至是旅游等替代性的福利，這里討論的只是現金形式的年終獎，大概可分為三種：一種是有明確約定的，發放金額固定或獎金發放規則在勞動合同等文件中有載明的，諸如年薪制；第二種是有規章制度規定的，是有明確規則的，通過綜合計算企業效益、部門績效、個人績效等方法計算得出年終獎數額，大公司往往基于管理標準統一的需要而采取這類，諸如年終績效；還有一種屬合同及制度都沒有明確約定的，給不給，給多少，完全取決于老板，多見于中小企業，諸如“發紅包”。

　　以上就是小編為大家整理的關于通過扣工資發年終獎違法嗎的相關內容，希望對您有所幫助。勞動者可以去勞動保障行政部門舉報，對于用人單位有克扣或者無故拖欠勞動者工資報酬行為的，由勞動保障行政部門分別責令限期支付勞動者的工資報酬、勞動者工資低于當地最低工資標準的差額或者解除勞動合同的經濟補償。大家如果還有其他法律問題，歡迎上咨詢平臺，在線律師會為大家進行專業的解答。